Amerikan Ulusal Sağlık Enstitüsü’nden Çiğdem Köroğlu Altok : “Yeni tip koronavirüs enfeksiyonuna doğal direnci olan bir gruptan söz etmek mümkün değil”

Geçtiğimiz aralık ayında Çin’in Wuhan kentinde ortaya çıkan ve tüm dünyaya yayılan yeni tip koronavirüs (2019-nCoV) ile ilgili olarak akla gelen en önemli sorulardan biri, farklı toplumların bu virüs enfeksiyonundan farklı şekilde etkilenip etkilenmedikleri. 

Amerikan Ulusal Sağlık Enstitüsü’nde (NIH) toplumsal genetik üzerine postdoc yapan Çiğdem Köroğlu Altok ile konu üzerine görüştük. 

Altok, “Enfeksiyonlara karşı vücudun verdiği cevabın kişiden kişiye farklılık gösterebileceği ve bu farklılığın sebeplerinden birinin kişinin genetik yapısı olduğu uzun süredir bilinmektedir ve bugüne dek birçok virüs ve diğer enfeksiyon ajanları ile ilgili konak (host) genetiği üzerine çalışmalar yapılmıştır ama maalesef ülkemizde bununla ilgili tartışmanın popülasyon genetiği ile ilgili genel kavramlar üzerinden içi boş bir şekilde yürütüldüğünü görüyoruz.” dedi. 

Türkiye’deki genetik çeşitliliğin Çin’e göre daha fazla olduğu fikrine dayanarak virüse karşı dirençli olduğumuz çıkarımının yanlış olduğunu söyleyen Altok, genetik karışımın (admixture) dünyada sadece Anadolu coğrafyasına özgü bir durum olmadığını, aksine dünyadaki birçok popülasyonun karışık bir yapıya sahip olduğu gerçeğini hatırlattı. 

Altok, “Genetik çeşitlilik üzerinden asıl konuya çok uzak bir tartışma yürütmek yerine 2019-nCoV direncimiz olup olmadığı ile ilgili direkt soruları soracak ve bunlara cevap arayacak bilgi düzeyine sahibiz” diye ifade etti. 

2019-nCoV’un enfeksiyon mekanizması biliniyor mu ve eğer biliniyorsa bu mekanizmada rol alan genlerde toplumlar arası farklılıklar var mı?

2019-nCoV’un aynı aileden SARS koronavirüsünde görüldüğü gibi ACE2 geninin kodladığı anjiotensin dönüştürücü enzim 2 adlı reseptöre bağlandığı tespit edildi. Bu yüzden bu ACE2 genindeki olası dizi değişimleri veya genin anlatım düzeyindeki farklılıklar virüsün bağlanmasını ve hastalık tepkisini değiştirebilir. Geçtiğimiz ay Cell Discovery dergisinde yayımlanan bir çalışma ACE2 gen dizisinin popülasyonlar arası karşılaştırmalı analizini yaparak bu sorulara cevap getiriyor. Bu çalışmada öncelikle ACE2 geni üzerinde, kodladığı reseptör yapısına etki edecek ve virüs proteini ile reseptör bağlantısını bozacak bir mutasyon olup olmadığına bakılıyor, sadece Çin veritabanından (ChinaMAP) tek bir örnekte ACE2 reseptörünü tümüyle bozacak bir mutasyon tespit ediliyor. Çalışmada incelenen beş ana popülasyonun (Doğu Asya, Amerika, Afrika, Avrupa ve Güney Asya) hiçbirinde yaygın bir mutasyona rastlanmaması bu popülasyonların hiçbirinde virüs bağlanmasına karşı doğal bir bağışıklığın bulunmadığını gösteriyor. Yani 2019-nCoV enfeksiyonuna doğal direnci olan bir gruptan söz etmek mümkün değil. Aynı çalışmanın ikinci kısmında, ACE2 geninin anlatım düzeyi yani akciğerdeki ACE2 reseptörü sayısı ile ilişkili olduğu gösterilmiş 15 yaygın genetik varyantın (değişme) yine popülasyonlar arası karşılaştırılması yapılıyor ve bunun sonucunda bakılan varyantların birçoğunun Çin ve Doğu Asya gruplarında en yüksek (0.75-0.99), Avrupa’da ise en düşük (0.45-0.65) frekansa sahip olduğu görülüyor. Yani yüksek düzeyde ACE2 reseptör miktarına sahip insanların sayısı Doğu Asya’da Avrupa’dan daha fazla. Bu bulgu, farklı popülasyonlarda benzer koşullar altında 2019-nCoV cevabının farklı olacağı şeklinde yorumlanabilir. Burada benzer koşullar ifadesinin altını çizmekte fayda var. Çünkü hızlı mutasyona uğrayan bu koronavirüsün iki ana türü bulunmakta ve ikisi de Çin’den dünyaya yayılmış durumda. Virüsün ACE2 reseptörüne bağlanma bölgesinde meydana gelebilecek yeni mutasyonlar infektivitesi artmış yeni alt türler ortaya çıkarabilir.

Virüsün geçireceği olası mutasyonların aşı/ilaç geliştirme sürecine etkisi ne olabilir?

İnfluenza’da olduğu gibi aşı geliştirme süreci sürekli devam edebilir ve belli aralıklarla tekrar aşı olmamız gerekebilir.

Virüsün enfeksiyon mekanizması bilindiği halde aşı için neden 18 aylık bir zaman öngörülüyor?

Geliştirilmekte olan aşının bir iki ay içinde klinik deney aşamasına geçebileceği öngörülüyor. Ancak bilindiği üzere aşı ve ilaç çalışmalarında en uzun süreç insanda klinik deney aşaması. Bu fazın tamamlanıp güvenilirliği belirlenmiş aşının kitlelere sunulması zaman alacak.

Bu salgından çocukların yaşlılar kadar etkilenmemesinin sebebi nedir?

Önceki SARS ve MERS salgınlarını inceleyen çalışmalar 12 yaş altı çocukların en olumlu klinik seyri gösterdiğini ortaya koyuyor. Yani bugün gördüğümüz tablo betakoronavirüs ailesine özgü bir durum. Ancak neden çocukların bu virüsü daha fazla tolere edebildiği henüz kesin olarak bilinmiyor. Bilindiği üzere bağışıklık sistemi zayıf ve kronik hastalığı olan kişiler yüksek risk grubundalar. Çocukların bağışıklık sistemi yaşlılara göre daha güçlü. Bu bir açıklama olabilir. Diğer bir açıklama olarak çocukların akciğerlerinin bu enfeksiyona karşı daha az hassas olabileceği gösteriliyor.

Mutasyonlar sonucu daha bulaşıcı ve etkili bir türün ortaya çıkma riski var mı?

2019-nCoV, betakoronavirüs ailesine ait bir virüs ve azalan sıra ile yarasa-SARS, insan-SARS ve MERS virüslerine benzerlik gösteriyor. Betakoronavirüslerin evrimsel sürecinde meydana gelen mutasyonlar sonucu konak hücre reseptörüne bağlanmayı sağlayan proteinde değişiklikler meydana gelerek SARS’a kıyasla çok daha bulaşıcı bir virüs olarak ortaya çıkıyor. Öte yandan 2019-nCoV’un yol açtığı semptomlar ve ölüm oranı SARS’a göre daha düşük. Virüste meydana gelmeye devam eden mutasyonlar zamanla yeni alt türler ortaya çıkarmakta. Bu da bulaşıcılık ve etki yönünden daha güçlü bir türün ortaya çıkma riski ile karşı karşıya bırakıyor bizi. Buna karşı yapılabilecek tek şey virüsün yayılma hızını elimizden geldiğince azaltmak ve daha uzun sürede daha az vakanın ortaya çıkmasını sağlamak. Yani virüsün dolaşımını kısıtlamak.  

Çiğdem Köroğlu Altok kimdir?

1982’de İstanbul’da doğdu. 2000 yılında Cağaloğlu Anadolu Lisesi’ni bitirdi. Lisans derecesini 2007 yılında Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nden aldı ve 2007-2014 yılları arasında aynı bölümde insan genetiği üzerine doktora yaptı. “Bağlantı Haritalaması ve Eksom Dizileme Yöntemleri ile Hastalık Geni Arama” başlıklı doktora tezi Bilimsel Araştırma Projeleri Komisyonu tarafından doktora tez ödülüne layık görüldü. Doktora süresince farklı kalıtımsal hastalıklardan sorumlu genlerin tanımlanması üzerine çalışan Altok, bu yıllarda hızla gelişen genomiks teknolojisinin ortaya çıkardığı büyük ve kompleks datanın analizi ile ilgilenmeye başladı ve biyoinformatik alanına merak geliştirdi. Doktora sonrasında iki yıl boyunca özel sektörde diagnostik alanında çalıştıktan sonra biyoinformatik alanında çalışma hayalinin peşinden giderek Amerika’da Ulusal Sağlık Enstitüsü’ne (NIH) bağlı Diyabet ile Sindirim ve Böbrek Hastalıkları Enstitüsü’nde (NIDDK) doktora sonrası çalışmalarına başladı. Üç yıldır NIDDK’nın Arizona kampüsündeki Phoenix Epidemiyoloji ve Klinik Araştırma Bölümü’ne bağlı Diyabet Moleküler Genetiği laboratuvarında doktora sonrası araştırıcı olarak çalışmaktadır. Tip 2 diyabetin dünyada en sık görüldüğü toplum olan Güneybatı Amerika yerlilerine ait binlerce örnekten elde edilen tüm genom ve tüm eksom dizileme datasını kullanarak yeme bozukluğu ve ileri derece obezite üzerine çeşitli projeler yürütmektedir.